Los microscopios electrónicos se diferencian según sus principios de funcionamiento y usos.

Principio: microscopio electrónico de transmisión, microscopio electrónico de barrido. Finalidad: observacional, analítica.

1. Microscopio electrónico de transmisión: el principio del microscopio electrónico de transmisión es utilizar el haz de electrones de alta velocidad emitido por el cañón de electrones para penetrar la muestra y formar una imagen.

2. Microscopio electrónico de barrido: el principio del microscopio electrónico de barrido es utilizar el haz de electrones emitido por el cañón de electrones para escanear la superficie de la muestra y formar una imagen.

3. Tipo de observación: se utiliza principalmente para observar la morfología superficial de las muestras.

4. Tipo analítico: se utiliza principalmente para analizar la composición y estructura de muestras.