La sinopsis de la trama de Aliens vs. Ninjas
Durante el Período de los Reinos Combatientes, grupos ninja pertenecientes a diferentes nombres también luchaban en la oscuridad. En una brillante noche de luna, el ninja Iga Yamata (interpretado por Masaune Sangen), Jinnai (interpretado por Kashiwahara Shushi), Mouse y otros chocaron accidentalmente con sus oponentes mientras realizaban misiones de espionaje. Durante este período, algo de repente flotó en el cielo. La bola de fuego sorprendió a todos. Después de que Yematai regresó a la aldea, siguiendo las instrucciones del líder, fue al bosque para explorar la verdad sobre la bola de fuego. En el camino, se encontraron con Lin Lin (interpretado por Mika Tsui) y sus compañeros que pertenecían a la misma facción, y todos caminaron juntos. Como resultado, en el denso bosque, los ninjas Iga fueron atacados por criaturas desconocidas. El oponente era ágil y letal, y los ninjas fueron asesinados uno tras otro. Aunque Yematai, Jinnei, Linlin y otros escaparon por casualidad, no sabían que los extraterrestres se estaban multiplicando salvajemente. Durante un tiempo, la aldea de Iga fue brutalmente envenenada, y Yamatai y otros también enfrentaron desafíos sin precedentes...