¿Cómo realizar el análisis de datos del transcriptoma?

En primer lugar, debe eliminar las secuencias de baja calidad. Las empresas de secuenciación generales ya lo han hecho por usted utilizando el software SolexaQA. Luego regrese, es posible que desee corregir la secuencia de errores con el software SEECER. En este momento, su archivo fastq se convertirá en fasta. Luego ensamblas las secuencias usando Triity. Después de ensamblarlas, puedes realizar una comparación explosiva para ver si hay una coincidencia. También puede utilizar los archivos generados por blast para realizar blast2go, obtener el número GO, realizar anotaciones GO y análisis de ruta KEGG. También hay análisis y análisis de genes expresados ​​diferencialmente, etc. De lo que estoy hablando ahora es del procesamiento de datos del transcriptoma sin genes de referencia. También hay genes de referencia. Para ellos, no es necesario ensamblarlos desde cero. Simplemente compare su secuencia con el gen de referencia. Es demasiado para entrar en detalles, así que puedo darte algo de información.