¿Los plurales de Patente y Calificación añaden s?

Sí, el primero significa patente y se puede contar agregando S. El segundo se refiere a certificados de calificación, o condiciones de calificación, que se pueden contar agregando S.

¿Qué son? ¿Cuáles son las calificaciones para ser piloto de línea aérea?

¿Cuáles son los requisitos para ser piloto de aviación civil?