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¿Qué es NCBI? ¿De qué sirve?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ puede consultar la secuencia de la proteína del gen. También puede buscar algo de literatura.

El sitio web más importante en biología molecular. Sin él, muchas cosas se volverían muy problemáticas, como la comparación y consulta de genes homólogos.

La siguiente es una introducción: http://www.biosino.org/pages/ncbi-1.htm

Introducción al NCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica)

》》》Introducción a los recursos del NCBI

Introducción

Comprender el lenguaje natural, silencioso pero sutil, de las células vivas es un requisito de la biología molecular moderna. A través de un alfabeto con sólo cuatro letras que representan las subunidades químicas del ADN, surgió una gramática de los procesos de la vida, en su forma más compleja la del ser humano. Esclarecer y utilizar estas letras para formar nuevas "palabras y frases" es un enfoque central en el campo de la biología molecular. Las enormes cantidades de datos moleculares y los patrones misteriosos y sofisticados de estos datos hacen que las bases de datos y los métodos de análisis computarizados sean una necesidad absoluta. El desafío es encontrar nuevas formas de manejar el volumen y la complejidad de estos datos y brindar a los investigadores un mejor acceso a herramientas analíticas y computacionales para avanzar en la comprensión de nuestra herencia genética y su papel en la salud y la enfermedad.

Establecimiento del Centro Nacional

Más tarde, el senador Claude Pepper se dio cuenta de la importancia de los métodos del proceso de informatización de la información para guiar la investigación biomédica e inició el establecimiento del Centro Nacional el 4 de noviembre de 1988. Nacional Legislación del Centro de Información Biotecnológica (NCBI). NCBI es una división de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) del NIH. NLM fue seleccionada por su experiencia en la creación y mantenimiento de bases de datos bioinformáticas y su capacidad para establecer un programa de investigación interno en biología molecular computacional. La misión del NCBI es desarrollar nuevas tecnologías informáticas para ayudar a comprender los procesos moleculares y genéticos fundamentales que controlan la salud y la enfermedad. Su misión incluye cuatro tareas:

Establecer sistemas automatizados para el almacenamiento y análisis de conocimientos sobre biología molecular, bioquímica y genética

Implementar información importante para el análisis de la biología Métodos avanzados de análisis por ordenador procesamiento de información de la estructura y función de moléculas y complejos

Acelerar el uso de bases de datos y software por parte de investigadores biotecnológicos y terapeutas médicos.

Un esfuerzo de colaboración mundial para recopilar información biotecnológica.

NCBI implementa sus cuatro programas a través de los siguientes programas:

Investigación básica

NCBI cuenta con un equipo de investigación multidisciplinario que incluye científicos informáticos, científicos de biología molecular, matemáticos y bioquímicos. , físicos experimentales y biólogos estructurales se centran en la investigación básica y aplicada en biología molecular computacional. Estos investigadores no sólo hacen importantes contribuciones a la ciencia básica, sino que también suelen convertirse en fuente de nuevos métodos para las actividades de investigación aplicada. Juntos utilizan métodos matemáticos y computacionales para estudiar problemas biomédicos fundamentales a nivel molecular. Estos problemas incluyen la organización de genes, el análisis de secuencias y la predicción de estructuras. Algunos representantes de los programas de investigación actuales son: detección y análisis de organización genética, formas repetidas de secuencias, dominios proteicos y unidades estructurales, creación de un mapa genético del genoma humano, modelado matemático de la dinámica de la infección por VIH, análisis del impacto de la secuencia. errores en búsquedas de bases de datos, desarrollo de nuevos algoritmos de búsqueda de bases de datos y alineación de secuencias múltiples, creación de bases de datos de secuencias no redundantes, modelos matemáticos para la evaluación de la significación estadística de la similitud de secuencias y modelos vectoriales para la recuperación de texto. Además, los investigadores del NCBI también insisten en promover la cooperación con otros institutos dentro del NIH y muchas academias y laboratorios de investigación gubernamentales.

Bases de datos y software

En octubre de 1992, NCBI asumió la responsabilidad de la base de datos de secuencias de ADN GenBank. El personal del NCBI con formación avanzada en biología molecular construyó la base de datos a partir de secuencias enviadas por varios laboratorios e intercambiando datos con bases de datos internacionales de secuencias de ácidos nucleicos (EMBL y DDBJ). Los acuerdos con la Oficina de Patentes y Marcas de EE. UU. permiten integrar la información de la secuencia de patentes.

GenBank es la base de datos de secuencias genéticas de los NIH, una colección comentada de todas las secuencias de ADN disponibles públicamente.

GenBank ha formado una base de datos internacional de secuencias de ácidos nucleicos en colaboración con las bases de datos de ADN de Japón y el Laboratorio Europeo de Biología Molecular. Las tres organizaciones intercambian datos a diario.

GenBank está creciendo exponencialmente, y el número de bases de ácido nucleico se duplica aproximadamente cada 14 meses. Recientemente, GenBank poseía 3 mil millones de bases de 47.000 especies.

Herencia mendeliana en el hombre (OMIM), base de datos de modelos moleculares de estructura de proteínas tridimensionales (MMDB), colección única de secuencias genéticas humanas (UniGene), mapa genético del genoma humano, navegador de taxonomía, con el Instituto Nacional del Cáncer Proyecto colaborativo de elaboración de perfiles del genoma del cáncer (CGAP).

Entrez es el sistema de búsqueda y recuperación de NCBI que proporciona a los usuarios acceso integrado a datos estructurales, de secuencia, ubicación y clasificación. Entrez también proporciona vistas gráficas de secuencias y mapas de cromosomas. Entrez es una herramienta de búsqueda y recuperación para integrar información de las bases de datos del NCBI. Estas bases de datos incluyen secuencias de ácidos nucleicos, secuencias de proteínas, estructuras macromoleculares, genomas completos y búsquedas en MEDLINE a través de PubMed. Una característica poderosa y única de Entrez es la capacidad de buscar secuencias, estructuras y referencias relacionadas. La literatura de las revistas se obtuvo a través de PubMed, una interfaz de búsqueda web que brinda acceso a nueve millones de citas de revistas en MEDLINE y contiene enlaces a artículos de texto completo en los sitios de las editoriales participantes.

BLAST es un programa de búsqueda de similitudes de secuencias desarrollado por NCBI y también puede utilizarse como medio para identificar genes y características genéticas. BLAST es capaz de realizar búsquedas de secuencias en bases de datos de ADN completas en menos de 15 segundos. Las herramientas de software adicionales proporcionadas por NCBI incluyen: buscador de marcos de lectura abiertos (ORF Finder), PCR electrónica y herramientas de envío de secuencias, Sequin y BankIt. Todas las bases de datos y herramientas de software del NCBI están disponibles en WWW o FTP. NCBI también tiene un servidor de correo electrónico que proporciona un método alternativo para acceder a la base de datos mediante búsqueda de texto o búsqueda de similitud de secuencia.

Educación y formación

NCBI fomenta la comunicación científica en el campo de la informática con aplicaciones a la biología molecular y la genética mediante el patrocinio de conferencias, talleres y series de conferencias. Se ha establecido un programa de académicos visitantes científicos para fomentar la colaboración con científicos externos. Como parte del programa de investigación de los NIH, también hay puestos postdoctorales disponibles.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/index.html

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