¿Para qué se utiliza BLAST?
BLAST incluye cinco programas y varias bases de datos correspondientes, dirigidas a diferentes secuencias de consulta y tipos de bases de datos en las que se buscará. La biblioteca de ácidos nucleicos traducida se refiere a la conversión de datos de ácidos nucleicos en secuencias de proteínas según codones y todos los marcos de lectura posibles durante la búsqueda y comparación.
El requisito de BLAST para el formato de secuencia es el formato FASTA común. La primera línea del formato FASTA? es la línea de descripción. El primer carácter debe ser el carácter "gt;"; las líneas siguientes son la secuencia misma. Generalmente, cada línea de la secuencia no debe exceder los 80 caracteres. no afectará la continuidad de la secuencia de la vista del programa. ?Las secuencias están representadas por códigos de aminoácidos y ácidos nucleicos estándar IUB/IUPAC; todos los caracteres en minúscula se convertirán a mayúsculas; un solo signo "-" representa un espacio de longitud desconocida y se permiten los signos "U"; la secuencia de aminoácidos; cualquier número debe eliminarse o reemplazarse con letras (por ejemplo, "N" para ácidos nucleicos desconocidos y "X" para aminoácidos desconocidos). Además, para secuencias de ácidos nucleicos, además de que A, C, G, T y U representan diversos ácidos nucleicos respectivamente, R representa G o A (purina) y representa T o C (pirimidina); (con cetona); M? representa A o C (con grupo amino; S representa G o C (fuerte); W representa A o T (débil); A o T; H representa A, C o T; V representa G, C o A; N representa cualquiera de A, G, C o T. Para secuencias de aminoácidos, además de la identificación estándar de un solo carácter de 20 aminoácidos comunes, B representa Asp o Asn; U representa selenocisteína; Z representa Glu o Gln; X representa cualquier aminoácido; logotipo de traducción.
BLASTp: busca bibliotecas de secuencias de proteínas usando secuencias de proteínas
BLASTn: busca bibliotecas de ácidos nucleicos usando secuencias de ácidos nucleicos
BLASTx: compara secuencias de ácidos nucleicos con bibliotecas de proteínas, ácidos nucleicos Las secuencias se traducen automáticamente en secuencias de proteínas según seis marcos de lectura antes de la alineación
tBLASTn: Alineación de secuencias de proteínas con bibliotecas de ácidos nucleicos Las secuencias de la biblioteca de ácidos nucleicos se traducen según seis marcos de lectura y se comparan. con secuencias de proteínas Realizar búsquedas de alineamiento
tBLASTx: Alineamiento de secuencias de ácidos nucleicos a bibliotecas de ácidos nucleicos a nivel de proteínas, ambas traducidas a proteínas para comparar antes de realizar la búsqueda