¿Puede el Espacio Mágico invalidar las piedras de evolución en Pokémon Esmeralda 5.3?

No.

Al lado de la pequeña caja en el lado inferior derecho de la playa en Kaina City, debes aprender a romper rocas. Necesitas romper rocas para caminar desde la playa. También ve allí navegando. Lo que se menciona aquí es la forma más temprana de conseguirlo según la trama.

Magic Space MagicRoom crea un espacio extraño. Dentro de 5 turnos, los efectos de todos los objetos que lleven los Pokémon desaparecerán.