Principios de secuenciación de degradomas

El principio de la secuenciación de degradomas es que la gran mayoría de los miARN en plantas utilizan el corte para regular la expresión de los genes diana, y el corte a menudo ocurre en el décimo nucleósido en la región complementaria entre el miARN y el ARNm. . El gen diana se corta para producir dos fragmentos, un fragmento cortado en 5' y un fragmento cortado en 3'. Entre ellos, el fragmento de corte 3' contiene monofosfato 5' libre y cola poliA 3', que puede ser utilizado por la ARN ligasa, y el producto de ligación puede usarse para secuenciación de alto rendimiento aguas abajo mientras que el gen completo contiene la tapa 5'; La estructura contiene la estructura de la tapa. El fragmento cortado en 5 'u otro ARN que carece del grupo monofosfato 5' no puede conectarse mediante RNasa y, por lo tanto, no puede ingresar al experimento de secuenciación posterior mediante una comparación y un análisis en profundidad de los datos de secuenciación. Encuentre las diferencias en la secuencia de ARNm. Aparecerá un pico en un sitio determinado, que es el sitio de escisión de miARN candidato (consulte la figura de la derecha para ver el proceso experimental completo). Utilizando la secuenciación de degradomas, los investigadores eliminaron las limitaciones de las predicciones bioinformáticas y realmente encontraron experimentalmente los genes diana de los miARN.