El Metro de Shanghai tiene varias empresas operativas.

1. Línea 1 del Metro de Shanghai Operation Co., Ltd.: opera la Línea 1, Línea 5, Línea 9 y Línea 10.

2. Shanghai Metro II Operation Co., Ltd.: opera dentro del alcance de la Línea 2, Línea 11 y Línea 13 (Línea Especial Expo).

3. Metro de Shanghai Third Operation Co., Ltd.: opera la Línea 3, Línea 4 y Línea 7.

4. Línea 4 del Metro de Shanghai Operation Co., Ltd.: opera la Línea 6 y la Línea 8.

5. Shanghai Maglev Transportation Development Co., Ltd.: opera la línea de operación de demostración maglev.